La structure en axes constitue le mode historique d’organisation de la MSH de Dijon, conçu sur la possibilité d’accueillir le plus grand nombre d’enseignants chercheurs en SHS. Le contrat en cours a mis en place un resserrement du nombre d’axes (passant de 5 à 3). Il existe également un axe scientifique commun à la MSHE de Besançon « Transmission, Travail, Pouvoir ».
Les axes sont envisagés comme des espaces :
